Verbreitung: Die eurasiatisch-submediterran verbreitete Sumpf-Stendelwurz hat in Bayern ihren Schwerpunkt in den Alpen und im Alpenvorland. In den fränkischen Bezirken war sie schon immer nur lückig verbreitet.
Die rezenten Vorkommen in Mittelfranken konzentrieren sich auf Kalkflachmoore am Trauf des Fränkischen Jura. Auch im NSG Buchleite wächst die Art zusammen mit Davalls Segge in einem kleinflächigen Kalkflachmoor an der Basis des Doggersandsteins.
Lebensraumansprüche: Die Orchidee gilt als Charakterart von Kalkflachmooren, kommt aber auch in Moorwiesen und Pfeifengrasbeständen vor. Sie wächst auf sicker- bis wechselnassen, basen- und meist kalkreichen Sumpfböden.Die Sumpf-Stendelwurz verbreitet sich mit unterirdischen Rhizomen und wächst deshalb meist in größeren Herden. Sie verträgt jedoch weder Beschattung noch Düngung ihrer Wuchsorte. Wie alle Orchideen produziert sie sehr kleine Samen ohne Nährgewebe und benötigt deswegen zur Entwicklung von Jungpflanzen einen Mykorrhizapilz (Wurzelpilz-Symbiose).
Gefährdung: In den Alpen und im Alpenvorland ist die Art angesichts zahlreicher Wuchsorte nur potenziell gefährdet. In den nordbayerischen Landschaften ist die Sumpf-Stendelwurz jedoch bereits stark gefährdet und an vielen früheren Wuchsorten ausgestorben. Namentlich im Keuper Mittelfrankens ist sie heute äußerst selten. Auch am Trauf des südlichen fränkischen Jura gibt es nur noch wenige, oft sehr kleine Bestände. Gefährdungsursachen sind Entwässerung, Düngung, Aufforstung, aber auch falsche oder fehlende Nutzung.
Die Population der Sumpf-Stendelwurz in einem kleinen Hangquellmoor ist schon lange bekannt, auch Einheimische berichten noch von zahlreichen blühenden Pflanzen. Heute steht die Art im NSG mangels Pflege kurz vor dem Erlöschen. Ihr letzter Wuchsort umfasst nur noch wenige vegetative Triebe.
